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常用的测定自交系配合力的主要方法有：
（1）顶交法：用普通品种、品种间杂交种或综合杂交种作测验种，早代测验（S2代以前）时以测验种为母本，被测的自交株为父本。S2代以后测验时，通常以被测自交系作为母本，测验种（品种）为父本。也可以用一父多母方式在隔离区内进行测交。根据下年测交种比较鉴定结果。
（2）双列式轮交法：用来测定一般配合力和特殊配合力。就是把被测自交株彼此间一一轮回的进行成对杂交，把获得的组合下年进行产量比较。被测系较多时，轮交套袋杂交的工作量很大。所以一般只在自交系性状基本稳定时，或经过早代测验筛选后，在数量不多的自交系中应用。
（3）测配结合法：这就是测定配合力和选配新组合一起进行的方法。新选自交系与已有的优良自交系进行套袋杂交，经产量比较看出苗头后，即可继续复配，及早进行多点试验推广。实践证明，这种测配结合法边测边用，可以加速育种世代，使育种过程和年限大为缩短，大大加快了玉米杂交种的选育和推广速度。 | 
